被跨国大药企重金下注的“黑暗基因组”，潜力有多大？

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来源：叶枫红

2023-10-23

近些年的研究发现，黑暗基因组中隐藏了很多重要的调节性元件，能够控制大量基因的活性，而且这些元件在多种疾病发生中也扮演着非常关键的角色。大多数导致复杂免疫和过敏性疾病易感性的遗传变异都集中在黑暗基因组中，比如多发性硬化症、狼疮和类风湿性关节炎等。

黑暗基因组

2022年10月，Nucleome Therapeutics宣布完成4240万美元的A轮融资，此次融资由M Ventures牵头，强生的战略风险投资部门JJDC（强生创新）、辉瑞风投等参投。资金将用于推进公司的自身免疫性疾病项目，推动暗基因图谱的拓展，以及其开创性平台的开发。

今年9月，ROME Therapeutics完成了7200万美元B+轮融资。此次B+轮融资除了孵化机构GV及老股东ARCH Venture Partners等的追加投资外，ROME此次还获得了强生创新、BMS及赛诺菲风投的青睐。

什么是黑暗基因组（Dark genome）？

黑暗基因组又称基因组"暗物质"，即指基因组中的非编码RNA，指在人类基因组中不直接编码蛋白质的DNA，约占人类基因组的98%。黑暗基因组主要由病毒样重复元件和非编码序列等组成。这些重复序列包括长散在重复元件LINEs (long interspersed elements; 约占人类基因组的21%)、短散在重复元件 SINES (short interspersed elements; 约占人类基因组的 15%)、人类内源性逆转录病毒序列HERVs (human endogenous retroviruses, 约占人类基因组的9%)等。

探索黑暗基因组功能的公司

Nucleome Therapeutics

Nucleome Therapeutics创立于2019年，是一家致力于解码人类基因组暗物质中的遗传变异，以寻找治疗疾病新疗法的生物科技公司。

2021年5月，Nucleome Therapeutics在《自然》杂志上发表了一种新型的3D基因组分析方法。该方法被称为Micro Capture-C（MCC）。这项技术可以让团队从三维角度，观察DNA在细胞中的折叠情况，帮助解开人类基因组暗物质中的基因变体，最终找到用药的候选靶点。

Nucleome Therapeutics的研究重点在于淋巴细胞和相关的自身免疫性疾病，其目标是建立一个强大的药物资产管线。

CAMP4 Therapeutics

2022年7月20日，专注于开发可编程疗法的生物技术公司CAMP4 Therapeutics宣布完成1亿美元的B轮融资，用于其针对监管RNA的平台，该平台用于解码黑暗基因组。

本轮融资由Patient Square Capital领投，Gaingels与现有投资者5AM Ventures、Polaris Partners、Northpond Ventures、Kraft Group和Andreessen Horowitz跟投。

CAMP4 Therapeutics开发的调节RNA（regRNA）驱动平台技术能够在所有细胞种类中，发现与控制蛋白表达基因相关的regRNA图谱，并开发可编程的反义寡核苷酸（ASO）靶向这些regRNA，以协助基因的上调，最终达到治疗疾病的效果。

Omega Therapeutics

Omega Therapeutics创立于2017年，是一家处于临床前阶段的生物技术公司，致力于使用DNA序列靶向、mRNA编码疗法来调控基因的表达。公司正在通过专有平台Omega开发多条管线，旨在针对不同的EpiZips开发对应的OEC，调控不同基因的表达，从而达到治疗、保健等医学目的。

Omega Therapeutics于2021年7月在美国纳斯达克上市。公司致力于将研发药物用于传统方式未能成功解决的特定疾病，包括某些肿瘤适应症、肝病、严重炎症、急性呼吸窘迫综合征（ARDS）等。

Rome Therapeutics

Rome Therapeutics于2020年创立，由谷歌旗下风投机构 Google Ventures（GV）投资并孵化建立。Rome Therapeutics的药物研发重点集中于人类黑暗基因组。 Rome Therapeutics研发管线中的其他项目侧重于肿瘤学，即靶向表达高水平重复衍生抗原和重复诱导基因组不稳定性的癌细胞，以及神经退行性疾病。

今年9月12日，Rome Therapeutics宣布完成7200万美元B轮融资，用于将其主要候选药物LINE-1逆转录酶（RT）抑制剂推进至临床测试阶段。

LINE-1（Long interspersed nuclear elements）是反转录转座子的一种，是人类基因组中丰度最高的反转录转座子，占据人类基因组序列的17%左右。人类基因组中包含了数十万个LINE-1，它们能够在基因组中复制和跳跃，还能够转录为LINE-1 RNA，它们会随着年龄的增长以及包括癌症和心血管疾病在内的疾病情况而变化，不过目前对LINE-1的功能仍知之甚少。

作为黑暗基因组领域的探路者，这些公司的临床探索将为其理论提供重要验证；如果得到临床证实，其可能为相关疾病领域开启一条全新的治疗路径，为患者带来更多的治疗选择。

参考来源：

1. Research from the Lab of CAMP4 Co-Founder Richard Young Shows That RNA Binding to Transcription Factors Fine-Tunes Gene Expression o CAMP4 (camp4tx.com).

2. https://www.globenewswire.com/news-release/2022/10/19/2537043/0/en/Nucleome-Therapeutics-raises-oversubscribed-37-5-million-Series-A-financing-to-decode-the-dark-matter-of-the-human-genome-and-deliver-first-in-class-precision-medicines.html.

3. Drug discovery biotech looking into the 'dark' regions of the human genome picks up a $40M+ Series A，Retrieved Oct 20th, 2022, from https://endpts.com/drug-discovery-biotech-looking-into-the-dark-regions-of-the-human-genome-picks-up-a-40m-series-a/.